При разработке этого метода и самой психоаналитической теории Фрейд исходил из предвзятой, ложной по существу, идеи о том, что наши знания о физиологии головного мозга и о тех физиологических механизмах, которые лежат в основе мозговой деятельности, очень скудны, а потому психоаналитическую теорию следует создавать, разрабатывать в отрыве от физиологии, независимо от нее и не опираясь на нее. По мнению Фрейда (Freud, 1923), психоанализ должен прежде всего откинуть все чуждые ему анатомические, химические и физиологические теории и оперировать исключительно с чисто психологическими понятиями. Вот почему Фрейд никогда не стремился подтвердить свои гипотетические концепции лабораторно-экспериментальными и клинико-физиологическими исследованиями. Так поступали и его последователи.

Вот почему и сердцевина фрейдовского учения — теория бессознательного — построена на гипотетических, порой мифологических умозаключениях, в полном отрыве от физиологического учения о мозге.

Два основных принципа: принцип удовольствия и принцип реальности, отражающие бессознательное и сознание, по Фрейду, лежат в основе разнообразных форм конфликтов, которые определяют не только поведенческую реакцию организма, творческую и психическую активность человека как личности, но и самые разнообразные формы заболеваний психики, нервной системы и внутренних органов.

Все учение Фрейда: концепции, постулаты и многочисленные гипотезы, тесно связанные с принципами идеалистической философии Платона, Гегеля, Гартмана, Ницше, а также Шопенгауэра и Канта — отличается идейно-политической несостоятельностью. В его трудах ведущее место занимают и душа, и бессознательная воля, и бессознательные влечения и находящиеся за порогом сознания неосознаваемые силы.

Этим обстоятельством и объясняется то, что психоаналитическая теория Фрейда приобрела все черты идеалистически ориентированной общей теории психосоматической медицины. Подчеркивая и выдвигая на первый план ведущую роль бессознательного в психической деятельности и в поведенческих актах человека, а также в происхождении ряда нервных и психических болезней, Фрейд вместе с тем придавал большое значение таким врожденным инстинктам, как половое влечение (либидо), влечение к агрессии, разрушению, смерти, что преломлялось не только в теории и практике медицины, но и в буржуазной социологии, где фрейдовские идеи были возведены в ранг социологической доктрины.